组织实施全州医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务、采供血机构管理以及行风建设等行业管理政策规范、标准；承担推进护理、康复事业发展工作；拟订公立医院运行监管、绩效评价、考核制度；监督指导全州医疗机构评审评价，承担卫生健康对口支援工作。拟订卫生健康人才发展政策，负责和指导卫生健康人才队伍建设，承担卫生健康专业技术人员资格管理。拟订全州卫生健康科技发展规划及相关政策并组织实施；承担实验室生物安全监督工作；组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续教育工作；拟订卫生计生专业技术人员培训规划；承担卫生健康工作领域的国际交流与合作、对外宣传、援外工作，开展与港澳台地区的交流与合作；承担机关和所属单位外事管理工作。贯彻落实国家基本药物制度和国家药物政策；制定调整海西州基本药物增补目录；开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警；落实国家药品价格政策，提出全州药品价格政策的建议以及国家基本药物目录州内药品生产、使用鼓励扶持政策的建议。拟订中蒙藏医药发展规划并指导实施，组织研究和指导中蒙藏医工作，组织中蒙藏医药的理论、技术、药物的发掘、整理、总结和提高工作，拟订并完善相关制度规范和技术标准，负责管理重大中蒙藏医药科研项目，承担中蒙藏医药人才培养和队伍建设工作。承担深化医药卫生体制改革具体工作；研究提出深化医药卫生体制改革政策、措施的建议；承担组织推进公立医院综合改革工作。