海西州疾病预防控制中心成立于2001年8月，由原州地方病研究所、州妇幼保健院、州卫生防疫站合并而成，2015年11月又将妇幼保健职能分离出去。2019年11月29日，根据中共海西州委机构编制委员会《关于海西州卫生健康委员会所属事业单位机构改革方案的通知》，（西编委发[2019]64号），正式更名为海西州疾病预防控制中心（挂海西州健康教育所牌子）是全州疾病预防与控制技术指导中心。

为进一步提高中心业务能力，更好的为全州各族人民的健康保驾护航，在州委州政府的支持关心下，新建业务楼7500㎡，附属楼1500㎡，于2019年1月正式投入使用。现核定全额拨款事业单位编制42名，设有9个科室，现有干部职工51人，其中卫生专业技术岗位41人，卫生专业技术人员占比80%。

中心实验室面积3500㎡，按照检验类型和生物安全管理要求划分为四个实验区，建设有13个生物安全二级实验室，其中负压生物安全实验室8个，增强型负压生物安全实验室2个，洁净实验室1个。

实验室现有实时荧光定量PCR仪，高效液相色谱仪，气相、质谱联用仪等各类仪器设备。可开展食品、饮用水、保健品、公共场所、地方病等细菌、理化、病毒方面150余个项目的检测和突发公共卫生事件应急采样和检测工作。

设有应急储备库3个，根据常见疫病扩散阶段和风险等级，动态更新卫生应急物资储备，目前约有200万物资储备，有A级、B级、C级、D级的全套防护装备，动力送风呼吸防护系统和霍尼韦尔压缩式呼吸器等，配备多种理化、微生物、核、辐射等快速检测设备及便携式野外生物安全柜，可达到生物等级2级级别，可实现现场快速检测任务。